Московский психолого-социальный университет ведет активную научно-исследовательской деятельность, развивает потенциал существующих в нем научных школ. Исследования Университета широко известны и признаны научным сообществом. По целому ряду научных направлений Московский психолого-социальный институт является одним из лидеров не только в России, но и на постсоветском пространстве.
В настоящее время в структуре Московского психолого-социального университета существуют 9 научных центров. Сотрудники Университета активно участвуют в определении стратегии развития психолого-педагогического образования, профессиональной подготовки педагогов и психологов. Совместно с Российской академией образования (РАО), Академией педагогических и социальных наук (АПСН) Университет активно участвует в обсуждении и подготовке предложений по реформе российского образования.
Отдельным направлением научно-исследовательской деятельности Московского психолого-социального университета является развитие теории безопасности. В рамках психологических исследований этим направлением занимаются сотрудники кафедры психологии безопасности. Данное направление в силу негативной криминогенной и террористической ситуации в Российской Федерации является крайне актуальным и имеет большую практическую значимость. Также в институте успешно функционирует кафедра теории безопасности, который занимается разработкой теории безопасности социальных систем и является одним из лидеров в стране по данному направлению. Исследования ученых Университета отличаются комплексностью, системностью и затрагивают теоретические аспекты безопасности человека, общества и цивилизации, разрабатываются подходы к подготовке специалистов в области безопасности, которые могут работать в различных социальных средах
Сотрудники института занимаются проблемами инновационного менеджмента, финансового менеджмента, антикризисного управления, рынка ценных бумаг, экономико-математического моделирования, трудовой миграции, модернизации экономики. Не остается незамеченным и процесс смены технологического уклада и его воздействие на систему образования Российской Федерации. Сотрудники Университета исследуют вопросы перспектив развития системы образования, как основного фактора развития экономики шестого технологического уклада. Проводится форсайт-исследование количественных и качественных потребностей нового технологического уклада в подготовке специалистов. Определяются перспективные планы подготовки специалистов.
Весьма актуальным направлением научных исследований ученых Университета является изучение миграционных процессов на постсоветском пространстве, в частности их влияние на социально-экономическое развитие Российской Федерации, воздействие на социальную безопасность государства, систему образования и т.д. В рамках этих исследований затрагиваются вопросы регулирования миграционных потоков, процессов адаптации и ассимиляции мигрантов, места системы образования в интеграционных процессах. Важным направлением изучения миграционных процессов является мониторинг Государственной программы по оказанию содействия добровольному переселению соотечественников в Российскую Федерацию, проживающих за рубежом. Сотрудники Университета принимают активное участие в оптимизации данной государственной программы, в разработке законодательных инициатив, направленных на ее развитие.
При Университете функционирует 3 диссертационных совета по защите кандидатских и докторских диссертаций .
В Университете издаются 8 научных журналов, шесть из которых включены в перечень ВАК.